自治旗为内蒙古自治区特有的民族自治地区，行政地位相当于旗，为县级行政区。截至2004年12月31日，中国境内有三个自治旗，均位于呼伦贝尔市，分别为鄂伦春自治旗、鄂温克族自治旗和莫力达瓦达斡尔族自治旗。