同治元年至十二年（1862－1873），西北陕、甘、宁、青广大地区活跃着许多支回民反清起义军。同治元年三月，太平军西征部队进入陕西，各地回民纷纷起义响应。十九日，伊斯兰教阿訇任武聚众起义于渭南，与洪兴同被推举为元帅。任武曾参加过咸丰七年至八年（1857－1858）云南回民起义，回陕西后，藏匿于渭南仓渡镇清真寺，秘密发动群众，制造军机旗帜，准备武装起义。同治元年春，陕西团练大臣张芾强迫回民抽拔壮勇，又在华州虐杀回民，任武遂率领渭南回民杀张芾，攻克华州等地，围攻西安，占领渭河流域，屡败清军。后由于西安、大荔一带数十县汉、回群众相互仇杀。死亡达数十万人，削弱了反清力量。同治二年初，清廷以多隆阿为钦差大臣，西上攻回，相继攻陷回民军后方基地羌白旗、王阁村等地，并借口“护汉”，在史家河一带屠杀回民，使六十里内尽成白地。任武等于同治三年率部退往甘肃。其时，甘肃、宁夏、青海广大地区回民也纷纷起义，并逐渐形成四支主要力量；以马占鳌为首的起义军活动于甘肃南部；以马化龙为首的起义军活动于宁夏南部；以马文义为首的起义军活动于青海东部；以马文禄为首的起义军活动于甘肃西部。其中以马化龙部力量最强，成为整个西北回民起义军的中坚。同治七年，左宗棠以钦差大臣身份西上攻回，在陕甘交界处招降了以董福祥为首的散兵游勇，成为回民军凶恶的敌人。同治十年左宗棠攻占回民军马化龙部活动中心金积堡，次年又在太子寺击败甘肃南部回民军，并打败了青海回民军马文义部，占领西宁。同治十二年，甘肃西部回民首领马文禄向清军投降后被杀，白彦虎率部逃往新疆，清军占领肃州。至此，坚持十二年之久的西北回民起义全部失败。