1944年2月，在敦煌莫高窟设立了保管、研究机构--国立敦煌艺术研究所，员工仅十余人，常书鸿任所长，下设考古、总务两个组，开始了敦煌石窟的清理、调查、保护、临摹等工作。1950年改名为敦煌文物研究所，常书鸿继任所长，人员有较大发展，下设保护、美术、考古、资料、办公室等组室，确立了”保护、研究、弘扬”的六字方针，实施了石窟大规模的维修保护，开展了石窟资料的全面调查、石窟艺术、考古、佛教内容的研究，出版了一些研究成果。1984年，经甘肃省委、省政府批准，敦煌文物研究所扩建为敦煌研究院，段文杰任院长，常书鸿任名誉院长，吴坚为首席顾问。1998年4月始，樊锦诗任院长，党委副书记为孟繁新,段文杰为名誉院长，吴坚为首席顾问，副院长为马正乾、刘会林、李最雄，下设党委办公室、行政办公室、保卫处、保护研究所、美术研究所、考古研究所、文献研究所、敦煌石窟文物保护研究陈列中心、敦煌资料中心、编辑部、摄影录像部、接待部、学术委员会。目前全院职工248人， 其中研究馆员8人、副研究馆员16人、馆员51人。这一时期，实施整体、综合、科学保护，增加了敦煌文献的研究，拓宽了敦煌石窟研究领域，不仅继续深入研究佛教内容和艺术，而且研究了石窟时代、历史，及壁画中社会文化与艺术的各种专题。此外，还建立了博物馆（即陈列中心）；敦煌石窟开始对外开放，与国内外进行广泛的学术交流；创办了学术刊物《敦煌研究》；刊布了一大批研究成果。敦煌研究院是集保护、研究多种业务的综合性研究机构。