府院之争指民国五至六年(1916年至1917年)总统府与国务院之间的权力斗争。

1916年6月袁世凯死后，原第一任副总统黎元洪依法继任大总统，段祺瑞任国务总理，段以北洋正统派首领自居，依附日本军阀，掌握军政大权，与黎元洪分庭抗礼。

先是在国务院秘书长人选问题上，黎元洪和段祺瑞发生了争执，最后由徐世昌出面了结。一波未平一波又起，在要不要参加第一次世界大战对德国宣战这个问题上，双方斗争更趋激烈。

为了达到主战的目的，段祺瑞将其手下的十几个督军叫到北京，组成“督军团”，对黎元洪施加压力，但未获成功；后来段祺瑞又叫人写了对德宣战书要总统盖印，黎元洪为了平息风波，勉强在文件上盖了章。即使这样，段祺瑞仍不满足，在国会开会讨论时，又大肆干涉，终于触动了众怒。

恰在这时，段祺瑞私自向日本借款一事被揭露。1917年5月21日，黎元洪瞅准时机在这时下令撤销了他的总理职务，段祺瑞愤然离京去津，并且指根据临时约法，总统无权撤销总理职务，不承认黎的免职令。因一方为总统府，一方为国务院，所以它们间的争斗被称为“府院之争”。

之后黎元洪请督军团团长张勋于6月14日入京调解。张勋入京后，拥立宣统复辟。事件为段祺瑞所镇压，黎元洪于事后辞去总统职，总统改由冯国璋担任。府院之争告一段落。