明朝在少数民族聚居地区设置的都司卫所。以当地酋长、族首领为都督、都指挥、指挥、千户、百户、镇抚等官，由朝廷发给□书、印信，使各统其众，因俗而治，直隶于兵部。主要设在东北、西北和四川西部、青海、西藏地区。它与西南的土司、土府州县同为置于少数民族聚居地区的地方政权机构。

东北黑龙江流域明代为女真居地。永乐元年(1403) 遣邢枢、张斌等人前往奴儿干招抚，同年在女真各部设置卫所，二年设奴儿干等卫。此后，相继又建立了一百三十多个卫所。七年改奴儿干卫为奴儿干都司，治所在元辽阳行省征东元帅府故地（今黑龙江与阿姆贡河会合处的蒂尔）。正统后，有卫三百八十四、所四、地面七、站七、寨一。其地西北起斡难河（今鄂嫩河），北达北山（今外兴安岭）,西南接辽东都司界,东包有苦兀（今库页岛）,东南至须鲸海（今日本海）,南抵鸭绿江、阿也苦河（今图们江）。朝廷在其地设立驿站，驻屯军队，派员巡视。各卫所间一般不相辖属。万历中，建州女真部努尔哈赤兴起，17世纪初以后，奴儿干各卫逐渐为努尔哈赤建立的后金所统一。

西北嘉峪关以西、哈密以东，明代为畏兀儿等族所居。洪武八年至永乐四年(1375～1406)，先后设置哈密、沙州（今甘肃敦煌）、赤斤蒙古(今甘肃玉门西北赤金)、安定、阿端、曲先（均在今青海西北部）、罕东（今青海青海湖东附近）七卫，其中安定、阿端、曲先等卫为撒里畏兀儿，统治者则大都均为元宗室后裔。后罕东卫分裂，一支北移到沙州一带。宣德十年沙州卫被迫东移苦峪（今甘肃安西东南锁阳城），正统十一年(1446)又内迁至甘州（今甘肃张掖）。其后阿端卫亦废。成化十五年(1479)在久已入居沙州的罕东卫北支设立罕东左卫。其时土鲁番已日益强大,屡占哈密,并侵迫罕东左卫。正德中土鲁番再占哈密。罕东左卫、赤斤蒙古卫不能自存，部分内迁于肃州（今甘肃酒泉）界内。此时，蒙古亦不 □、阿尔秃厮部进入青海一带，安定、曲先、罕东等卫部众也先后散亡。

四川西部、青海、西藏一带的藏族地区，洪武二年平定陕西后即遣使招抚，至宣德间先后设置乌思藏（今西藏大部）、朵甘卫（今西藏东部、青海大部、四川西部）二都司及俺不罗（今西藏浪卡子）、牛儿宗寨（今西藏拉萨西南）、领司奔寨（今西藏仁布）等行都司,陇答（今西藏贡觉、昌都一带）、上邛部（今西藏丁青）、陇卜（今青海玉树北）、必里（今黄河河源一带）、毕力术江（今青海玉树附近）等卫,另有宣慰司三、招讨司六、千户所十七及袭元朝旧制的俄力思军民元帅府（今西藏阿里地区、拉达克）和若干万户府。洪武时还曾一度在河州（治今甘肃临夏东北）置西安行都卫（旋改为行都司）,以兼辖乌思藏王、朵甘卫二都司。永乐时,又封当地僧侣领袖为赞善、护教、阐教、阐化、辅教等五王。五王各有封地，与都司等不相辖属（见西藏八王）。明代颁发的“朵甘卫都指挥使司”印章及永乐年间乌思藏卫都指挥司指挥佥事的封诰等，至今尚存，为明朝在这一地区设立军政机构的有力佐证。

此外，在西南的四川、云南等地，有部分卫所也由土官担任各级职务,性质与羁縻卫所略同,但上隶于都司、行都司。当地的军政机构以土司及土府州县为主，这些卫所一般被视为土司的一部分。