基本特征: 雄性器官发育不正常，花药瘦小、干瘪、不开裂、内含败育花粉或无花粉，自交不能结实，多数情况下，有不同程度的包颈。  

遗传原理：由细胞质和细胞核基因相互作用而产生雄性不育，称作质－核互作型不育系。  

基本要求：不育性稳定，败育彻底，不受环境条件影响，任何地点和任何时期抽穗，不育度＞99.9％, 开花习性良好, 柱头大而外露, 张颖角度大、时间长，花时集中；一般配合力强。  

现有质－核互作型不育系的分类：从细胞质的来源分类，现有的质－核互作型不育系大致可分为：

①野败型(WA)：以雄性不育野生稻作母本，用栽培品种连续回交选育而成, 如使用面积最大的珍汕97A和V20A属这一类型。

②冈型(GA)：以西非晚籼品种冈比亚卡(Gambiaca)作母本, 用栽培品种进行连续回交选育而成, 如冈46A、朝阳1号A等。

③D型(Di)：以籼稻品种Dissi作母本, 与籼稻品种回交育成, 如D汕A是由Dissi作胞质供体,珍汕97作胞核供体培育而成的。

④矮败型(DA)：以矮秆雄性败育野生稻作母本与栽培稻品种杂交育成, 如协青早A。

⑤红莲型(HI)：以红芒野生稻与籼稻品种莲塘早杂交和成对回交选育而成, 以后用其他籼稻品种与其杂交和回交, 育成不同类型的红莲型不育系,如粤泰A等。

⑥BT型：以印度籼稻品种Chinsuran BoroⅡ为细胞质供体, 以粳稻品种作核供体选育而成, 如粳稻不育系黎明A、六千辛A等。

⑦滇型(TI)：滇型不育系由许多类型组合，其代表性的不育系如滇3A, 以高海拔籼稻品种峨山大白谷作母本, 与红帽缨回交转育而成。

另外还有长药野生稻质源的L301不育系，印尼水田谷质源的Ⅱ－32A、优ⅠA等不育系也都有新的发展前途。  

从败育类型可分为孢子体不育和配子体不育两类，野败型、冈型、Ｄ型和矮败型属孢子体不育，其花粉败育发生的时期较早（单核后期）以典败为主。红莲型、ＢＴ型和滇型等属配子体不育，前者花粉败育的时期较晚（二核期），以园败为主，后二者的花粉败育发生最晚（二核后期或三核初期），以染败型为主。

质核互作型不育系选育方法：我国育种家多年的育种实践表明，雄性不育出现的机率以野生稻与栽培稻杂交为最大，其次是籼稻和粳稻杂交，再次是亚种内品种间杂交。其一般表现规律是：低进化、低纬度和低海拔的品种作母本，高进化、高纬度和高海拔的品种作父本，较易实现三系配套。根据这一基本规律，第一种方法是：以野生稻为母本，以我国长江流域的籼稻品种为父本，进行轮回杂交，一般比较容易获得野败型孢子体不育质核互作型不育系。如珍汕97A、V20A、协青早A等都是通过这种方法育成的。选育不育系的目的在于应用，由于绝大多数性状如开花习性、品质、生育期、配合力等是由核内基因控制的，因而父本的选择，对育成不育系是否有使用价值起着决定性作用。第二种方法是：以籼稻品种为母本，以粳稻品种为父本，进行轮回杂交和核置换，可以育成质核互作型粳稻不育系，如ＢＴ型的六千辛Ａ，滇一型、滇三型不育系等都是通过这一方法育成的。第三种方法是：选择亚种内遗传差异较大的品种杂交，一般来说以比较原始的品种作母本易获得成功。在无法确定那个品种较原始时，可进行正反交试验，然后确定细胞质供体亲本，再以相应的父本进行核置换，如冈46A、Ⅱ－32A、马协A等不育系就是分别以西非的晚籼品种 Gambiaca，印尼水田谷和鄂西农家品种马尾粘作质源, 选育而成。