南京大学历史学系前身溯源于1902年建立的三江师范学堂国史科。

1952年院系调整时，由原中央大学历史系、边疆政治系和金陵大学历史系合并而成。九十余年来，一批史学大师和著名学者先后在本系任教，如柳诒徵、缪凤林、陈训慈、郭廷以、沈刚伯、朱希祖、张贵永、贺昌群、雷海宗、罗尔纲、韩儒林、白寿彝、陈恭禄、王绳祖、蒋孟引、王拭、王觉非、茅家琦等，奠定了南大历史系的学科构架、基本特色及发展基础。目前本系有教职工60人，其中教授25人，副教授18人；担任研究生导师的41人，其中博士生导师16人。学生407人，其中博士生137人，硕士生140人，本专科生130人；博士后研究人员9人。

经过几代学者的辛勤努力，本系已形成较为完备的教学体系。全系设有历史学、考古学两个本科生专业，以及中国近现代史、中国古代史、世界史、专门史（国际关系史）、考古学5个博士点（含硕士点）。1995年，本系被确定为国家教育部直属的文科人才培养和科学研究基地。1996年，经国家人事部评审建立博士后流动站；并成为首批进入国家"211"工程的单位。1998年，本系经国务院学位办评审，获准按历史学一级学科招收博士生。本系世界地区、国别史为国家重点学科，中国近现代史为江苏省重点学科。

本系除所属各教研室外，设有一批具有专业研究特色和跨学科的科研机构。 1985年－1995年期间，本系教师承担国家和国家教委项目65项，江苏省项目14项。1995年以来承担九五国家项目8项、国家部项目15项、江苏省项目14项。近五年来出版学术著作90余部，发表论文560余篇；同期获国家社科基金优秀奖1项，教育部优秀成果一、二等奖7项、教育部优秀教材一、二等奖2项、江苏省优秀成果一、二等奖10项。

历史系文物室藏品丰富，价值珍贵，包括石器、青铜器、玉器、陶瓷、碑拓、书画等，其展览厅可供师生教学研习之用。全系设有3个与国际联网的电脑室；多媒体教学报告厅设备齐全，功能多元，初步实现教学手段现代化。

历史系致力于加强与海内外的学术交流和合作，与10多个国家和地区建立了经常性的联系。有40多名海外著名教授以及访问学者先后在此讲学交流或攻读博士、硕士学位。举办了中华民国史、中国社会史、当代台湾研究、英国史等国际学术讨论会。历史系考古专业的师生参加了三峡地区的文物发掘与整理工作。目前，历史系承担的211工程重点项目已接近完成，今年承担了985工程项目9项，并正在负责筹建跨院系的国际关系研究院，努力为创建世界高水平大学作出新的贡献。


历史系文献资料     
  历史系资料室现有两个220平米的大书库，分为中文图书和线装书、中文期刊、外文书刊两个部分。另设有三个中国近现代史特藏室，国际关系史特藏室、英国史特藏室、元史特藏室。
  期刊阅览室1间，55平米。 历史系藏书有近25万册，其中中文书15万册，外文书1万册，中文期刊150种，1万余册，外文期刊近百种，6千余册，线装书3200余种。
  现订阅的中文刊物有：主要高校的学报、综合性学术期刊和专业性学术期刊以及与本学科有关的人大复印资料近120种。
  外文期刊有：《美国历史评论》、《英国历史评论》、《外交事务》、《历史》、《国际史评论》、《东亚史》、《当代史》、《当代史杂志》、《经济史评论》等近50种。还有香港《大公报》、《广角镜》等报刊。
   资料室现藏有较大部头的书刊有：、四部丛刊、古今图书集成、丛书集成（初编）、中华大藏经（部分）、道藏、清实录、天一阁藏明地方志选刊、英国外交文件（部分）、美国外交文件（部分）、德国外交文件、大英百科全书、大美百科全书、民国丛书、中华民国外交史资料丛编、中华民国档案资料汇编、中央日报、民国日报等