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 根据病原菌与宿主细胞的关系，病原菌分为胞外菌和胞内菌两类。胞外菌是指可以在宿主细胞外的细胞间隙、血液、淋巴液、组织液等体液中生长繁殖的细菌，它们在体外可以在没有活细胞的人工培养基中生长。胞内菌又分两种，即兼性胞内菌和专性胞内菌。兼性胞内菌是指在宿主体内，主要寄居在细胞内生长繁殖，在体外无活细胞的培养基中亦可生长。专性胞内菌则不论在体内体外，都必须在活细胞内生长繁殖。
抗胞外菌免疫
人类的多数病原菌是胞外菌，其中主要有葡萄球菌、链球菌、奈瑟氏菌、志贺氏菌、霍乱弧菌、白喉棒状杆菌、破伤风梭菌等。
当胞外菌突破人体的皮肤和粘膜第一道防线后，在组织中首先遇到据守第二道防线的中性粒细胞对它们吞噬。若病菌毒力不强、数量不多，则会被消灭，不会形成感染。组织中的补体等体液因素对病菌也有一定作用，但作用不如吞噬细胞。如果第二道防线不够坚固，不能完全阻挡病菌，则由病菌诱发的第三道防线，即获得性免疫防御功能投入战斗。对付胞外菌，主要是特异性体液免疫防御功能。抗体是体液免疫的产物，它们具有多种功能。IgG类抗体有调理病菌减小其毒力，促进和加强中性粒细胞对病菌的吞噬、杀灭作用；IgM、IgG类抗体与病菌结合后，可以激活补体系统，产生攻膜复合体，有杀死或溶解病菌作用；分泌型IgA类抗体存在于肠道、呼吸道等粘膜表面，可以柚共【谡庑┎课坏耐Ａ舳ㄖ常性し雷饔茫环置谛虸gA类抗体也可在初乳中出现，所以也有将母体的免疫力传递给婴儿的作用；抗毒素是针对细菌外毒素的抗体，这种抗体具有中和外毒素的作用。
参与胞外菌特异性细胞免疫的T细胞主要是CD4-Th2细胞。它们除协同B细胞产生抗体外，尚能产生一些细胞因子，引起局部炎症，促进巨噬细胞吞噬和杀伤作用，指引和活化中性粒细胞等。胞外菌侵入人体后，要通过上述人体的三道防线，受到先天的和后天获得的两种免疫系统的防御，大多数不形成感染，或形成后最终消失，患者康复；但有些胞外菌可以通过不同机制来逃避机体的防御功能。例如肺炎链球菌等在胞壁外形成抗吞噬的荚膜；淋病奈瑟氏菌的菌毛不断发生突变，使原有的抗菌毛抗体无效；流感嗜血杆菌等产生IgA蛋白酶，降解宿主粘膜表面的分泌型IgA抗体；福氏志贺氏菌能诱导巨噬细胞凋亡等，应引起人们的重视。
抗胞内菌免疫
对人类重要的兼性胞内菌有结核分枝杆菌、伤寒沙门氏菌、布鲁氏菌、嗜肺军团菌等，它们主要寄居在人体单核吞噬细胞中。专性胞内菌有引起斑疹伤寒、恙虫病的立克次体，引起Q热的柯克斯体，引起沙眼、性病淋巴肉芽肿的衣原体等。它们主要寄居在人体的血管内皮细胞和上皮细胞内，有时亦可在单核吞噬细胞内发现。
胞内菌突破人体第一道防线后，在组织中首先遇到巨噬细胞的抵抗。巨噬细胞虽能吞噬胞内菌，但不能杀死它们，而胞内菌反而能在细胞内生存甚至繁殖。只有当第二道防线建立，亦即人体对某种胞内菌产生特异性免疫后才能真正对胞内菌发动攻击。
抗胞内菌的获得性免疫机制主要是以T细胞为主的细胞免疫，因特异性抗体分子量大，不能进入胞内菌寄居的宿主细胞内与之作用。特异性细胞免疫应答反应包括两种类型。一为CD4 ThI细胞产生多种细胞因子；另一为CD8 CTL细胞。CD4 ThI细胞产生的细胞因子中，有一种称为γ干扰素的，是巨噬细胞的强力激活剂，它可以使其吞噬胞内菌的强度增大，尤其重要的是赋予巨噬细胞对胞内菌的杀伤力，这就有利于清除寄居在细胞内的病原菌。现在我们已经可以用生物技术大量生产这种γ干扰素，在治疗疾病中发挥增强宿主免疫力的作用。CD8 CTL细胞能直接将穿孔素和粒酶等生物活性物质介入被胞内菌感染的细胞，破坏其完整性，病菌释出后，再经过抗体调理而被吞噬细胞吞噬杀灭。
道高一尺，魔高一丈，胞内菌也有多种逃避人体的免疫杀伤的性能。例如嗜胶军团菌进入宿主细胞的途径与一般菌不同，它可以避免受吞噬过程产生的强氧化物质的杀伤；结核分枝杆菌、伤寒沙门氏菌等能阻止吞噬细胞中的吞噬体和有大量杀菌物质的溶酶体融合；有的病菌能逃逸到吞噬细胞的细胞质内，因为那里没有杀伤物质而得以幸存；麻风分枝杆菌寄居到没有杀伤力的神经鞘细胞等中，也能逃避杀伤。
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