清华大学生物系创立于1926年，是我国近代较早开展生物学教育和科学研究基地之一，曾为我国培养了一大批知名的生物学家，中国科学院生物学部的院士中有30余位曾就读于清华大学或在清华大学工作过。1952年全国高等院校院系调整时清华大学生物学并入其它院校，致使清华大学的生命科学研究与教学一度中断。1984年恢复建系，并更名为生物科学与技术系，简称生物系。

二十年来，依托清华大学的理工优势，生物系广聘海内外优秀人才，抓住机遇，快速发展，已成为我国生物科学与技术领域具有鲜明特色的重要教学基地和科学研究基地之一。

生物科学与技术系现设有生物学一级学科和海洋生物学二级学科。目前的主要研究方向包括：膜分子生物学、分子生物物理学、结构生物学、蛋白质组学、分子酶学、分子免疫学、分子细胞生物学、发育生物学、神经生物学、微藻生物学、海洋生物学、生物信息与系统生物学、蛋白质药物、生物芯片、微生物学与发酵工程、植物分子生物学与基因工程、生物医用材料与组织工程、中药现代化与生物制剂等。

科研教学机构有生物物理与结构生物学研究所、生物化学与分子生物学研究所、细胞与发育生物学研究所、生物技术研究所、海洋生物技术研究所、分子细胞生物学中心、中药研究室和生物学实验教学中心。合作研究机构有生物膜与膜生物工程国家重点实验室、蛋白质科学教育部重点实验室、生物信息学教育部重点实验室、生物芯片北京国家工程研究中心、清华大学药物研究所、清华大学生物信息与系统生物学研究所、清华大学－隆力奇生物科技研究所。

生物科学与技术系一直重视学科建设、师资队伍建设与人才培养工作。生物物理学科是教育部所属高校中最早批准的生物物理领域中的重点学科，具有博士学位授予权；1998年生物化学与分子生物学学科被批准为博士点；同年获准设立生物学博士后流动站；2000 年获得生物学一级学科博士学位授予权，2001年生物物理学和生物化学与分子生物学学科被评为国家重点学科；2005年获得海洋生物学二级学科博士点。作为全国理科（生物学）基础科学研究与人才培养优秀基地和教育部生命科学与技术人才培养基地，生物科学与技术系连续被评为双优基地，同时，生物系实验教学中心被正式评为首批国家实验教学示范中心。

全系现有教师44人，其中教授30人（博士生导师27人），副教授11人，具有博士学位者占77％，3/4为50岁以下中青年教师；双聘教授11人，副教授5人。师资队伍中有中国科学院院士2人，教育部长江学者特聘教授9人、长江讲座教授1人，国家教学名师奖获得者1人，香港求是杰出青年奖得主3人，国家杰出青年基金获得者14人，教育部跨世纪人才4人，清华大学百人计划10人，国家“973”项目首席科学家3人，全国一级学会理事长2人。在校本科生647人，在读博士生264名、硕士生171名，在站博士后研究人员19人。

生物系为加强科研平台建设，先后购置、更新了一批先进的科学仪器设备，包括500MHz核磁共振波谱仪、透射式电子显微镜、生物大分子晶体X-射线衍射系统、荧光光谱仪、动态光漫散射仪、圆二色光谱仪、差热扫描分析仪、DNA合成仪、DNA扫描仪、同位素荧光分析仪、凝胶成像系统、流式细胞仪、二维电泳系统、系列SGI工作站、高速、超高速系列离心机及成套高压液相色谱系统等，仪器设备总数3800台，设备总值8700万元，其中10万元以上大型设备近135台（套），大型设备总值超过5000万元。