咽（pharynx） 食物入食管和呼吸介质（水或空气）入鳃或肺的共同通路。咽介于口腔和食管之间，既属于消化系统又属于呼吸系统。

鱼类的鳃于咽的两侧形成。在胚胎的早期，咽部两侧突出5个咽囊。与此相对应，外胚层也向内凹陷，内外两胚层相遇后打穿，乃形成鳃裂。鳃裂间为鳃隔，其前后面发生出丝状或板状的表皮突起——鳃。鳃裂的数目随动物种类而不同。在脊椎动物中，最多可达14对，如一种盲鳗；圆口类多为7对鳃裂。鲨鱼一般为5对，许多种鲨鱼在鳃裂前面还有一个吸水孔，从发生来看，吸水孔乃是退化的第一对鳃裂。

陆栖脊椎动物虽用肺呼吸，但在胚胎期也形成咽囊，这些咽囊有些暂时打穿形成鳃裂，但以后即行封闭。咽囊在发育中形成一些和呼吸无关的衍生结构。

第1对咽囊的远端部膨大形成鼓室（中耳），其近端部仍保留着和咽的联系，成为耳咽管，或称欧氏管。耳咽管和鼓室与鲨鱼的吸水孔同源，都是由第1对咽囊发生而来。第2对咽囊在哺乳类形成腭扁桃体，在其他陆栖脊椎动物多趋于退化。腭扁桃体为淋巴器官，其功能是产生淋巴细胞和抗体，有防御作用。第3和第4对咽囊形成甲状旁腺（背侧上皮）和胸腺（腹侧上皮）。第5对咽囊的上皮形成后鳃体。陆栖脊椎动物的后鳃体位于甲状腺旁，哺乳类的成体无后鳃体。后鳃体分泌的激素称为降钙素，可调节血浆中钙离子浓度。

咽囊的底面中央处发生出甲状腺。在系统发生上，甲状腺相当于文昌鱼的内柱。用放射性碘注入文昌鱼体内，则注入的碘全集中到内柱，证明内柱与甲状腺同源。圆口类的幼体在咽部有内柱，变态后内柱变为甲状腺。

在鱼类，水与食物共同入口，到达咽部，水由鳃裂流出，在流经鳃丝时进行气体交换；食物则由咽入食管。两栖类有了内鼻孔，空气由鼻孔经口咽腔入肺；食物则由口经过口咽腔入食管。

哺乳类的内鼻孔后移，硬腭之后延伸出软腭。沿软腭的背中线向前剪开，可见鼻咽腔（咽部对向鼻腔的部分）。在鼻咽腔侧壁上可见耳咽管（欧氏管）的开口，此管沟通咽部及中耳腔。咽向后有两个通路：一是靠背面的食管，一是经喉门通入腹面的气管。吞咽时，食物经口腔、咽进入食管，即从腹前方通向背后方，所以呼吸通路和消化通路在咽部形成咽交叉。在喉口外盖有一个叶片形的软骨——会厌软骨，吞噬食物经过咽部时，会厌软骨盖住喉门，迫使食物进入喉门背面的食管而不误入气管。呼吸时，空气通过鼻腔、咽，由喉门入气管，即从背前方通向腹后方。

对于人体而言,咽是消化道与呼吸道的共同通道，呈前后略扁的漏斗形肌性管道。上附于颅底，下端至第6颈椎体下缘续于食管，全长约12 cm。咽的后壁与侧壁较完整，前壁自上而下分别与鼻腔、口腔和喉腔相通，因此，咽可分为鼻咽、口咽和喉咽三部分。